Τα ομοιοπαθητικά φάρμακα δεν έχουν παρενέργειες και μπορούν επομένως να χορηγηθούν με ασφάλεια σε νεογνά, βρέφη, παιδιά, εγκύους και θηλάζουσες μητέρες. Αυτό οφείλεται στο ότι κατά την προετοιμασία τους αραιώνονται σε τέτοιο βαθμό ώστε εξαλείφεται πλήρως κάθε πιθανότητα παρενεργειών, ενώ η θεραπευτική τους δράση ενεργοποιείται.

Στην αρχή της ομοιοπαθητικής θεραπείας, ορισμένοι ασθενείς ενδέχεται να παρατηρήσουν μια ελαφρά ενίσχυση των υπαρχόντων συμπτωμάτων τους —κάποιες φορές εμφανή, κάποιες φορές όχι— η οποία διαρκεί για σύντομο χρονικό διάστημα πριν υποχωρήσει και δώσει τη θέση της σε βελτίωση και συνολική ευεξία. Αυτή η παροδική αντίδραση είναι γνωστή ως ‘ομοιοπαθητική επιδείνωση’ και ερμηνεύεται ως θεραπευτική αντίδραση του οργανισμού. Συνήθως αφορά σωματικά συμπτώματα όπως πονοκεφάλους ή εξανθήματα, αλλά δεν εμφανίζεται σε όλους τους ασθενείς.

Επίσης είναι σημαντικό οι ασθενείς να γνωρίζουν ότι συμπτώματα όπως υπνηλία, κόπωση ή πονοκέφαλοι κατά την πρώτη εβδομάδα θεραπείας οφείλονται συχνά στην απαραίτητη αποφυγή καφεΐνης και συνήθως υποχωρούν από μόνα τους.